泥鳅养殖存在的问题主要包括以下几个方面：

市场上存在许多低劣的野生泥鳅苗冒充优质种苗，导致成活率低，增加养殖成本。

缺乏针对低劣幼种的培养方式，进一步影响成活率和养殖效益。

大型幼种成活率低，主要由于水质恶化、诱饵不科学、泥鳅个体小、活动力弱等因素。

养殖密度大，饵料投喂量增加，排泄物增多，导致水质恶化，泥鳅易发病。

繁殖过程中水质恶化，容易发生蓝藻水华，导致繁殖失败。

池塘过大导致投资过度，繁殖风险高，需要重建池塘并设置防逃设施。

使用的下沉颗粒饲料系数高，导致饲料浪费，增加养殖成本。

缺乏科学的饲料选育和饲养技术，影响泥鳅的生长和健康。

蛇、鼠、蛙、鸟类等天敌对泥鳅的威胁大，需加强防敌害设施建设。

池塘进、出水口处防逃设施维护不当，导致野杂鱼和有害生物进入池塘。

高密度养殖环境下，水质难以保持肥活嫩爽，容易发生疾病。

水质恶化导致氨氮、亚硝酸盐等有害物质过高，影响泥鳅健康。

疾病防控管理不到位，一旦爆发病害难以控制。

滥用药物现象严重，导致泥鳅中恩诺沙星等抗生素超标。

缺乏与泥鳅养殖相匹配的市场服务，如专用饲料、鱼药、专业服务商和销售渠道等。

养殖户面临滞销风险，影响经济效益。

水源污染、工业废水、农业面源污染等外部因素导致外源性药残输入。

高密度养殖模式加剧病害，倒逼药物依赖。

综上所述，泥鳅养殖面临多方面的挑战，需要从种苗选择、人工技术、养殖管理、饲料使用、疾病防控、市场服务以及环境保护等多个方面进行改进和优化，以提高养殖效益和经济效益。