泥鳅繁育存在的问题主要包括以下几个方面：

繁殖企业捕捞或购买的天然野生亲鳅种类混杂，直接配组、催产，导致种质杂交，后代不纯，生长速度不一，影响生产。

在市场上购买的商品泥鳅，大多是人工催产后培育出来的，实际上是近亲繁殖。

在泥鳅大量繁殖季节，采捕天然苗种，假冒人工苗种出售，由于野生苗种生长速度慢，多带病菌，体弱多病，导致成活率低，增加了养殖成本。

人工培育大规格苗种成活率相对较低，很多从事泥鳅人工繁育的个人及单位培育3—5cm的泥鳅苗成活率均在10%以下。

泥鳅苗种从鳃呼吸转为肠道呼吸为主的阶段，特别容易发生气泡病而导致大批量死亡，可能为水质恶化、开口饵料的不适性或疾病引起。

泥鳅有多个品种，不同品种生长表现差异较大，且本地品种的公鳅体长、体重只有母鳅的1/3左右，影响了单产量和养殖效益。

需要进行人工选育以克服地方品种的不良性状，但这需要很强的专业知识和经验。

泥鳅养殖产业虽然发展迅速，但与该项目匹配的市场服务没有同步跟上，如专用饲料、专用鱼药、专业服务商、专业销售渠道等，导致整个产业链脆弱，养殖户面临各种制约和市场风险。

市场上存在用野生泥鳅苗冒充人工苗，甚至给品种贴上“新品种”标签，误导养殖户，尤其是新入行的创业者，导致大量养殖户惨淡经营，甚至血本无归。

泥鳅育苗前期易暴发车轮虫、指环虫、斜管虫、复殖吸虫等寄生虫，影响苗种成活率。

综上所述，泥鳅繁育过程中存在亲鳅品质不纯、野生苗种冒充人工苗种、人工培育技术问题、品种问题、市场服务不到位、被恶意误导以及寄生虫问题等多方面的挑战。要解决这些问题，需要从亲鳅选择、人工培育技术、品种选育、市场服务等多方面入手，提高泥鳅的繁育和养殖成功率。